消費者庁は、国の消費者行政の司令塔として、いわゆる36の消費者法を所管し、消費者被害に関する情報を一元的に集約・分析するなど消費者保護を推進するために、2009年（平成21年）9月に創設されました。消費者庁創設に伴い、公正競争規約の根拠法である景品表示法は、公正取引委員会から消費者庁に全面移管されました。

また、公正取引委員会は、

1. 独占禁止法（私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律）の運用
2. 下請法（下請代金支払遅延等防止法）の運用
3. 景品表示法の運用（地方事務所のみ調査権限を持つ）

を行う国の行政機関です。

それに対し、公正取引協議会は公正競争規約を運用する業界の自主団体であり、公正取引協議会の監督官庁は消費者庁及び公正取引委員会です。

なお、厚生労働省からも医薬品の流通等に関して、適宜指導を受けています。

2023年8月現在、公正取引協議会は全部で79団体あり、業種は医療用医薬品をはじめ食品、自動車、不動産等、多岐にわたっており、新聞公正取引協議会、全国飲用牛乳公正取引協議会、自動車公正取引協議会、首都圏不動産公正取引協議会などがあります。これらの公正取引協議会を全国的に組織したものが一般社団法人全国公正取引協議会連合会です。